早期教堂玻璃多以圣经故事为内容，以光线配合图案的效果感动信徒。而一些教会所在地本地的传说和神话，也会进入其主题之中。近代以来，教堂玻璃不仅出现在教堂，也在许多一般建筑中获得应用。在中国的建筑材料分类上，称为“教堂玻璃彩色花窗”。

花窗玻璃的色彩则是由于在制作过程中加入不同的氧化金属成分而产生。但花窗的色彩也有可能是玻璃制成后涂装上去的。西元10世纪起，西方的玻璃工厂在盛产硅土的地区广泛建立。它们在玻璃制作半溶解状态时添加金属氧化物使玻璃变色。例如：

氧化铜：产生绿

氧化钴：使玻璃成蓝色，与浅黄色互补，使玻璃变为无色

金：产生红色

硒：使玻璃成浅玫瑰色，与浅绿色互补，中和成无色玻璃